Linh cẩu đốm được nhà tự nhiên học người Đức Johann Christian Polycarp Erxleben miêu tả chính thức năm 1777. Gốc rễ tiếng Hy Lạp cổ (krokoutas) trong danh pháp khoa học của nó được Pliny Già sử dụng cho loài động vật không rõ, có thể là linh cẩu, tại Ethiopia. Thuật ngữ này có nguồn gốc từ κρόκος (krokos)-nghĩa là cây nghệ tây, nói chung được sử dụng trong thế giới phương Tây cổ đại như là một loại thuốc nhuộm màu vàng. Về nghĩa đen, nó có nghĩa là "con vật có màu như màu nghệ tây".

Người ta cho rằng tổ tiên của linh cẩu đốm đã rẽ nhánh từ các loài linh cẩu thật sự (linh cẩu vằn) trong thế Pliocen, khoảng 5,332 tới 1,806 triệu năm trước (Ma). Do các dạng mèo răng kiếm bắt đầu suy thoái và biến mất và được thay thế bởi các dạng mèo với răng nanh ngắn hiệu quả hơn, một số linh cẩu đã chuyển sang săn bắt thay vì ăn xác thối và như thế chúng đã tiến hóa thành các loài mới và linh cẩu đốm nằm trong số này.[5]